Idealizado pelo artista são-manuelense ALCIDES ORTOLAN e adotado pela Lei nº 221, de 29 de maio de 1954, alterada pela lei nº 1421 de 14/05/1987.
Descrição Heráldica: Escudo redondo português;
Esquartelado: 1º de azul, com uma cruz azul romana trilobada de prata;
2º de prata, com um archote de ouro, empunhado por uma mão viril, de sua cor;
3º de prata, com um pé de café de sua cor, frutificado de vermelho;
4º de vermelho, com um arado de ouro.
Coroa Mural, lavrada de prata, privativa das municipalidades, de oito torres e portas, ao seu centro, sobreposto um escudete vermelho, com palma ao natural.
Suportes: à direita um ramo de cana de açúcar e a esquerda um de café, tudo ao natural.
Divisa "Ad maiora quotidie", de prata, num listel de vermelho;
Memento Justificativo: o escudo redondo, também conhecido como português ou hispânico, foi escolhido para acompanhar o tipo já tradicional para quase todas as cidades não só de São Paulo, como de outros pontos do Brasil, filiando-se, assim, às origens de nossa formação ibérica colonial.
A cruz de prata no 1º quartel simboliza a fé cristã dos são-manuelenses, sempre firmes em sua crença religiosa, atestando também os inúmeros templos e casas de caridade levantadas na cidade. O azul do campo lembra o nosso céu brasileiro e também as esperanças de todos numa vida celestial e num futuro melhor.
O archote empunhado por mão viril no 2º quartel símbolo heráldico do saber, da luzes e do progresso, evoca nossas escolas, nossa atividade espiritual e os altos ideais dos são-manuelenses no amor à sua terra e a pureza de seus sentimentos no branco de prata do campo deste quartel.
Um pé de café no campo de prata do 3º quartel caracteriza o elemento básico da agricultura e do povoamento de São Manuel. Graças ao café, o município ocupa posição de destaque no conjunto dos grandes centros do Estado de São Paulo. O arado de ouro sobre o vermelho do 4º quartel enobrece o trabalho sublime e dignificante da agricultura, que constitui a grandeza do município, com a excelência de suas terras férteis e dadivosas que atraíram seus primeiros colonizadores e entusiasmam seus atuais habitantes. O campo vermelho lembra a fibra dos seus povoadores iniciais, membros das caravanas heróicas dos Bandeirantes que, singrando o Rio Tietê rumo a Mato Grosso, por aqui ficaram. Esses desbravadores souberam lutar com denôdo e preparar para seus descendentes e seguidores, com o vermelho de seu sangue derramados em lutas contínuas, o caminho que levou São Manuel à situação dos dias de hoje. A Coroa mural é a mesma simbologia heráldica luzo brasileira, relembrando com o seu escudete, com uma palma, o orago da cidade de São Manuel, martirizado em testemunho de sua fé. A palma é o símbolo do martírio cristão.
Nos suportes, os ramos de cana de açúcar e de café assinalam os produtos agrícolas que mais têm cooperado para a riqueza do município.
A divisa "Ad maiora quotidie" (Cada dia maior) traduz a evolução e o progresso do município, concitando os são-manuelenses a trabalhar cada vez mais para o engrandecimento de sua terra para a glória de São Paulo e para a da pátria comum, o nosso Brasil.