Trabalha com a logística de distribuição e abastecimento de medicamentos nas unidades de saúde para que tais cheguem à população, todos medicamentos oferecidos pela rede municipal e distribuídos à população passa primeiro ao ALMOXARIFADO DE MEDICAMENTOS.
O setor ainda gerencia e controla o estoque e fluxo de remédios, faz pedidos dos mesmos, solicitação e recebimento de medicamentos, insumos de enfermagem, dietas, glicemia e fraldas.