A Diretoria Municipal de Saúde tem como atribuições planejar, desenvolver, orientar, coordenar e executar a política de saúde do município, compreendendo tanto o cuidado ambulatorial (postos de saúde e ambulatórios) quanto o hospitalar.
No prédio da Diretoria de Saúde estão alocados Almoxarifado, Assistência Social, Auditoria, Central da Ambulância, Central de Regulação de Especialidades Médicas e Exames, Compras da Saúde, Coordenação da Atenção Básica, Coordenação dos Agentes Comunitários de Saúde, Coordenação de Saúde Bucal, Faturamento, Farmácia Central, Recursos Humanos da Saúde, Vigilâncias Epidemiológica e Sanitária.
Fazendo uma gestão de todas as áreas, coordenando as equipes com o objetivo de oferecer aos munícipes são-manuelenses uma assistência à saúde com qualidade e respeito, tem como estratégia, garantir o pleno funcionamento do Sistema Único de Saúde – SUS no município, objetivando sejam cumpridos os princípios da universalidade, acessibilidade, integralidade, humanização e qualidade da assistência à saúde.
Aprimorar a gestão do sistema de saúde através da melhoria dos processos de administração, qualificação e desenvolvimento de pessoal, efetivo controle social e adequação das ações e recursos para o atendimento básico, especializado, de urgência e emergência e vigilância a saúde.