O Controle Interno do Município de São Manuel é um órgão de total independência no exercício de suas atividades, executa função fiscalizadora, de auditoria, levantamento, com o fundamento de averiguar a devida aplicação de recursos públicos, bem como, se a municipalidade participa dos princípios administrativos como impessoalidade, moralidade, eficiência etc. sendo também a ponte entre a Prefeitura e os sistemas de controle externo como o Tribunal de Contas do Estado de São Paulo.
Mais que um sistema de averiguação auditor, o Controle Interno, também se configura como um orientador servindo de ferramenta pedagógica de apoio ao prefeito municipal. Promove também o sistema de assessoria aos gestores na busca pelos controles adequados em seus processos.
É o suporte municipal onde orienta, sugere, apura procedimentos, preservando sempre a legalidade das atitudes e atividades funcionais.
É uma unidade de total independência no exercício de suas atividades.